Maestro

単一細胞のカプセル化 / 多様な細胞に対応するカスタマイズ可能
Nadia Innovateシリーズ  dolomite bio

 Nadia Innnovateシリーズの動画(YouTubeにリンク)


1) Nadia Innoveteシリーズ紹介
Dolomite bio

 Nadia Innnovateシリーズの特長


 Point 1  シンプルな操作で1細胞をカプセル化

シングルセル解析では、対象細胞を1細胞に単離することが必要な作業となります。Nadia Innovateシリーズでは、流体力学技術を応用して均一なドロップレットの作成が可能で、簡単に1細胞をカプセル化できます。最も頻繁に使用されるscRNA-Seqにおいては、細胞懸濁液とビーズの懸濁液を2つの流路から流し、細胞とビーズが含まれるドロップレットを作成します。(下図)。Nadiaシリーズでは、Drop-Seq法を用いているため、細胞溶解が効率化され、遺伝子の検出率が高くなります。

ドロップレット形成の模式図


ドロップレット形成流路(左図)、Nadiaで作成されたドロップレット(右図)。

 Point 2  カスタマイズ設定で多様な細胞に対応

従来の機器では、植物や非モデル細胞に対応することが難しかったのですが、Nadia Innovateでは、ドロップレットを作製時の各条件(圧力、温度、撹拌強度、時間)をカスタマイズし、多様な細胞でのカプセル化が可能となります。更に、開発したプロトコールはNadiaに転送して最大8サンプルまでの同時処理をすることで、スループットを高めることができます。

Nadia Innovatedeで調整可能なパラメーター
●送液圧力 (0~1000 mbar)
●温度(4℃~40℃)
●撹拌強度(0~300 rpm)
●各ステップの時間



Nadia Innovateセット
 Point 3  NGS解析に最適化

NadiaシリーズのDrop-Seq/sNuc-Seqプロトコールでは、イルミナ社のシングルインデックスのペアエンドシークエンスに互換性のあるライブラリが調製されます。 Nextera XTインデックスキット( #FC-131-1002)のN701 -N712 を使用してマルチプレックスが可能です。 シークエンスには、次のプライマーを使用してください
Read 1: “Read1CustomSeqB” (5’ GCCTGTCCGCGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTAC)
Read 2: Standard Nextera P7 Sequencing Primer

Webinar: Analyse your single cell RNA Seq (YouTubeにリンク)



 論文紹介


論文紹介

Nadia Innovateシリーズを使用している文献情報を抜粋してお知らせします。

  • Modelling the impact of decidual senescence on embryo implantation in human endometrial assembloids. bioRxiv,Posted March 02, 2021.
    Thomas M. et al. (2021).
    使用細胞(目的):Endometrial Stromal cells(scRNA-Seq)

  • Dissecting the Role of BET Bromodomain Proteins BRD2 and BRD4 in Human NK Cell Function. Front Immunol.,26 February 2021
    Cribbs AP. et al. (2021).
    使用細胞(目的):NK cell(scRNA-Seq)

  • Highly accurate barcode and UMI error correction using dual nucleotide dimer blocks allows direct single-cell nanopore transcriptome sequencing. bioRxiv,Posted January 19, 2021.
    Martin P. et al. (2021).
    使用細胞(目的):HEK293T and 3T3 cell(scRNA-Seq)

  • Single nucleus transcriptomics data integration recapitulatesthe major cell types in human liver. Hepatol Res. Feb;51(2):233-238.
    Diamanti K. et al. (2021).

  • 使用細胞(目的):Liver tissue(Single Nucleous-Seq)

  • Discrete regulation of β-catenin-mediated transcription governs identity of intestinal epithelial stem cells. bioRxiv,Posted May 05, 2020.
    Costanza B. et al. (2020).

  • 使用細胞(目的):Intestinal epithelial stem cell(scRNA-Seq)

  • Bulk and single-cell gene expression profiling of SARS-CoV-2 infected human cell lines identifies molecular targets for therapeutic intervention. bioRxiv,Posted May 05, 2020.
    Wyler E. et al. (2020).

  • 使用細胞(目的):Vero E6, Calu-3 Calu-2 and H1299(scRNA-Seq)
  • Histone H3K27me3 demethylases regulate human Th17 cell development and effector functions by impacting on metabolism. Proc Natl Acad Sci USA. Mar 17;117(11).
    Cribbs AP. et al. (2020).

  • 使用細胞(目的):T-cell(scRNA-Seq)

     製品リスト・仕様


    (1) 機器リスト
     
    品番
    製品名
    希望小売価格(税抜)
    DB32005957 Nadia & Innovateセット
    お問い合わせください
    DB3200590 Nadia
    お問い合わせください
    DB3200595 Nadia Innovate(Nadiaと接続して使用)
    お問い合わせください

    ※その他の消耗品、試薬につきましては、お問い合わせください。



    (2) 製品仕様

    Innovate

    Nadia
    製品番号
    単独使用
    新規プロトコール開発
    PC
    ジャンクション部観察
    撹拌機能
    液滴サイズ
    液滴体積
    対応可能な細胞サイズ
    細胞懸濁液量
    ビーズ液量
    オイル量
    運転温度範囲
    試料処理数
    大きさ
    (Innovateはセット)
    重さ
    電源
    3200595
    Nadiaと組み合わせて使用
    可能
    付属
    64~96 μm(cv<5%)
    137~463 pl
    最大60 μm
    100~250 ul
    100~250 ul
    最大3 mL
    4℃~40℃
    1, 2, 4, 8
    1,200 x 420 x 500 mm
    (W × D × H)
    10 kg(セットでは20 kg)
    100 V 最大消費電力500 W
    3200590
    可能
    不可
    不要
    80 μm(cv<5%)
    268 pl
    最大50 μm
    100~250 ul
    100~250 ul
    最大3 mL
    4℃~40℃
    1, 2, 4, 8
    313 x 418 x 452 mm
    (W × D × H)
    20 kg
    100 V 最大消費電力300 W

     

     対応アプリケーション